Juan Antonio Marchal y Michael Hackenberg participan en el desarrollo del software sRNAbench.

El grupo multidisciplinar TEC-16 del Instituto de Investigación Biosanitaria de Granada, del que forman parte Juan Antonio Marchal y Michael Hackenberg, en colaboración con grupos de Noruega y Países Bajos, ha desarrollado la última versión del software sRNAbench, uno de los programas más utilizados en el análisis de datos de secuenciación masiva de microRNAs. Este estudio ha sido publicado en la prestigiosa revista Nucleic Acids Research y pretende facilitar el trabajo a los usuarios menos experimentados, así como llegar a un mayor número de investigadores.

Los microRNAs o miRNAs son ARNs muy pequeños con gran importancia en la regulación de la expresión génica y del comportamiento celular. Estas moléculas se pueden encontrar en el interior celular y en los biofluidos como la sangre, el líquido cefalorraquídeo, la orina, etc. Además, su desregulación se asocia con distintos tipos de cáncer y de enfermedades autoinmunes, por lo que tienen mucho potencial como biomarcadores de dichas patologías. Esta última versión del software se ha optimizado para permitir el análisis de un gran número de muestras simultáneamente.

En el estudio realizado desde el ibs.GRANADA, se muestra una aplicación de este software en pacientes con bronquiectasia, una enfermedad en la que el árbol bronquial sufre una dilatación anormal e irreversible y que, además, se puede agravar por infección de la bacteria Pseudomonas aeruginosa. Con la nueva versión de este software, es posible detectar la presencia de estas bacterias incluso en muestras de pacientes infectados con cultivo negativo.

En otro estudio en el que se empleó este software, los investigadores del área de Terapias Avanzadas y Tecnologías Biomédicas del ibs.GRANADA relacionaron la presencia de ciertos miRNAs asociados a vesículas con el Linfoma de Hodgkin, ya que estos miRNAs pueden ser liberados a los fluidos corporales en el interior de vesículas. La optimización de esta nueva versión facilita el estudio a los investigadores en el ámbito de miRNAs, un campo con gran importancia clínica.

The multidisciplinary group TEC-16 of the Instituto de Investigación Biosanitaria de Granada, which includes Juan Antonio Marchal and Michael Hackenberg, in collaboration with groups from Norway and the Netherlands, has developed the latest version of the sRNAbench software, one of the most widely used programs in the analysis of massive sequencing data of microRNAs. This study has been published in the prestigious journal Nucleic Acids Research and aims to facilitate the work of less experienced users.

MicroRNAs or miRNAs are very small RNAs with great importance in the regulation of gene expression and cell behavior. These molecules can be found inside the cell and in biofluids. Their deregulation is associated with different types of cancer and autoimmune diseases, so they have great potential as biomarkers of these pathologies.

In the study carried out from ibs.GRANADA, an application of this software is shown in patients with bronchiectasis, a disease in which the bronchial tree suffers an abnormal and irreversible dilatation that can be aggravated by infection of the bacterium Pseudomonas aeruginosa. With the new version of this software, it is possible to detect the presence of these bacteria even in culture-negative samples from infected patients.

Ernesto Aparicio-Puerta, Cristina Gómez-Martín, Stavros Giannoukakos, José María Medina, Chantal Scheepbouwer, Adrián García-Moreno, Pedro Carmona-Saez, Bastian Fromm, Michiel Pegtel, Andreas Keller, Juan Antonio Marchal, Michael Hackenberg, sRNAbench and sRNAtoolbox 2022 update: accurate miRNA and sncRNA profiling for model and non-model organisms, Nucleic Acids Research, 2022; gkac363, https://doi.org/10.1093/nar/gkac363

Esther E. E. Drees,Margaretha G. M. Roemer,Nils J. Groenewegen,Jennifer Perez-Boza,Monique A. J. van Eijndhoven,Leah I. Prins,Sandra A. W. M. Verkuijlen,Xuan-Mai Tran,Julia Driessen,G. J. C. Zwezerijnen,Phylicia Stathi,Kevin Mol,Joey J. J. P. Karregat,Aikaterini Kalantidou,Andrea Vallés-Martí,T. J. Molenaar,Ernesto Aparicio-Puerta,Erik van Dijk,Bauke Ylstra,Catharina G. M. Groothuis-Oudshoorn,Michael Hackenberg,Daphne de Jong,Josée M. Zijlstra,D. Michiel Pegtel, Extracellular vesicle miRNA predict FDG-PET status in patients with classical Hodgkin Lymphoma, Journal of Extracellular Vesicles, 2021; jev2.12121, https://doi.org/10.1002/jev2.12121